La diferencia clave entre la sintenia y la colinealidad es que la sintenia es la colocalización física de loci genéticos en el mismo cromosoma en una especie, mientras que la colinealidad es la colocalización física de loci genéticos en el mismo cromosoma en diferentes especies que conservan el mismo orden.
Sinteny y colinealidad son dos términos que se utilizan indistintamente en genómica. Ambos términos describen los patrones de localización de genes en los cromosomas de diferentes especies. Estos arreglos de genes relacionados entre los taxones son información valiosa cuando se infiere la ascendencia compartida de genes. Synteny se refiere a la colocalización física de loci genéticos en el mismo cromosoma en una especie. La colinealidad se refiere a la colocalización física de loci genéticos en el mismo cromosoma en diferentes especies que conservan el mismo orden. Por tanto, es una forma de synteny.
