La diferencia clave entre el flujo de energía y el ciclo de la materia es que el flujo de energía muestra la transmisión de energía de un nivel trófico al siguiente nivel trófico en las cadenas alimentarias, mientras que el ciclo de la materia muestra el flujo o ciclo de los elementos a través de las partes vivas y no vivas de los ecosistemas.
La energía fluye en un ecosistema a través de las cadenas alimentarias. De manera similar, los elementos recorren diferentes partes de la Tierra. El sol es la fuente de energía de la mayoría de los ecosistemas. Los productores primarios fijan la energía de la luz solar en carbohidratos. Los consumidores, especialmente los herbívoros, consumen alimentos producidos por los productores. Entonces los carnívoros y omnívoros dependen de los herbívoros. Asimismo, la energía fluye a través de diferentes niveles tróficos. Al mismo tiempo, la materia se recicla a través de diferentes procesos. De hecho, tanto la energía como la materia se mueven de un organismo a otro en las cadenas alimentarias.
