La diferencia clave entre CRISPR y CRISPR Cas9 es que CRISPR (repetición palindrómica corta agrupada regularmente interespaciada) es un mecanismo de defensa inmune procariota natural, mientras que CRISPR cas9 es una nucleasa Cas9 guiada por ARN que forma parte del sistema inmunológico adaptativo CRISPR.
CRISPR es un sistema inmunológico de defensa antiviral que se encuentra en bacterias y arqueas. Es una familia de secuencias de ADN que se encuentran en el genoma bacteriano. Consiste en secuencias espaciadoras que se derivan de fragmentos de ADN de bacteriófagos que los habían infectado previamente. En infecciones virales posteriores, las bacterias utilizan estas secuencias para destruir el ADN viral. Las secuencias CRISPR tienen repeticiones palindrómicas cortas y secuencias espaciadoras. Además, las secuencias espaciadoras repetidas de CRISPR a menudo tienen genes asociados que codifican proteínas Cas. Cas9 es una endonucleasa guiada por ARN. Junto con las secuencias CRISPR, la proteína Cas9 actúa como un sistema inmunológico adaptativo en bacterias contra bacteriófagos.