La diferencia clave entre UPGMA y el árbol de unión vecino es el tipo de árbol filogenético resultante de cada método. UPGMA es la técnica de construir un árbol filogenético enraizado, mientras que el árbol de unión de vecinos es la técnica de construir un árbol filogenético sin raíz.
Los árboles filogenéticos son diagramas en forma de árbol que muestran las relaciones evolutivas entre organismos. Un árbol filogenético puede tener diferentes topologías según la técnica utilizada para la construcción del árbol. UPGMA y el árbol de unión de vecinos son dos métodos principales que construyen árboles filogenéticos.