La diferencia clave entre la alogamia y la autogamia es que la alogamia es la fusión de gametos masculinos y femeninos que provienen de dos individuos diferentes, mientras que la autogamia es la fusión de gametos masculinos y femeninos del mismo individuo. Otra diferencia entre la alogamia y la autogamia con respecto a la descendencia producida es que la alogamia produce una descendencia genéticamente diferente mientras que la autogamia produce una descendencia genéticamente idéntica.
La fusión de un gameto masculino con un gameto femenino es fertilización. Un cigoto se desarrolla como resultado de la fertilización y luego se somete a división celular para producir una nueva descendencia. Además, la fertilización puede ser de dos tipos; autofertilización o fertilización cruzada. Alogamia es sinónimo de fertilización cruzada y Autogamia es sinónimo de autofecundación.
