La diferencia clave entre la secuenciación de escopeta y la secuenciación de próxima generación es que la secuenciación de escopeta es un método de secuenciación que divide aleatoriamente las secuencias de ADN en muchos fragmentos pequeños y vuelve a ensamblar la secuencia observando las regiones superpuestas, mientras que la secuenciación de próxima generación (NGS) es un método avanzado de secuenciación genética que depende de la electroforesis capilar.
La secuenciación es el proceso que determina el orden preciso de los nucleótidos en un gen, un grupo de genes, un cromosoma y un genoma completo. Es muy importante en estudios genómicos, estudios forenses, virología, biología sistemática, diagnóstico médico, biotecnología y en muchos otros campos analizar la estructura y función de genes e identificación de organismos. Además, existen diferentes tipos de métodos de secuenciación disponibles. La secuenciación de escopeta y la secuenciación de próxima generación son dos métodos avanzados entre ellos.