La diferencia clave entre la endosimbiosis y la invaginación es que la endosimbiosis es una teoría que explica el origen de las mitocondrias y los cloroplastos dentro de la célula eucariota, mientras que la invaginación es un proceso que explica el origen del núcleo y otros orgánulos celulares a través de la formación de invaginación a partir del plasma. membrana al interior de la célula.
Los científicos creen que las células eucariotas han evolucionado a partir de células procariotas. Han desarrollado muchas teorías para explicar cómo se ha producido esta evolución. La endosimbiosis es una de esas teorías que explica el origen de las mitocondrias y el cloroplasto dentro de las células eucariotas de las bacterias procariotas. Considerando que, la invaginación es un proceso que explica el origen del núcleo y otros orgánulos unidos a la membrana dentro de la célula eucariota.