La diferencia clave entre las ribozimas y las enzimas proteicas es que las ribozimas son moléculas de ARN que son capaces de catalizar ciertas reacciones bioquímicas específicas, mientras que las enzimas proteicas son moléculas de proteínas que son capaces de catalizar la mayoría de las reacciones bioquímicas que ocurren en los organismos vivos.
Las enzimas son catalizadores biológicos y aceleran la velocidad de las reacciones bioquímicas. Generalmente, todas las enzimas son proteínas compuestas por aminoácidos. Por lo tanto, también se denominan enzimas proteicas. Sin embargo, existen moléculas de ARN específicas que pueden actuar como catalizadores de reacciones bioquímicas específicas. Son las ribozimas o enzimas del ácido ribonucleico. Por tanto, tanto las ribozimas como las enzimas proteicas cumplen la misma función que es la de catalizar reacciones bioquímicas.