La diferencia clave entre la filtración en gel y la cromatografía de permeación en gel es que la fase móvil de la cromatografía de filtración en gel es una solución acuosa, mientras que la fase móvil de la cromatografía de permeación en gel es un disolvente orgánico.
Tanto la cromatografía de filtración en gel como la de permeación en gel entran en la categoría de cromatografía de exclusión por tamaño en la que podemos separar las moléculas en una solución en función de su tamaño. Es decir, a veces, podemos separar las moléculas de acuerdo con sus pesos moleculares. Por lo general, utilizamos estas técnicas para separar moléculas complejas como proteínas y, a escala industrial, para separar materiales poliméricos. La principal diferencia entre la filtración en gel y la cromatografía de permeación en gel está en la fase móvil que utilizamos en cada técnica.
