La diferencia clave entre la geitonogamia y la xenogamia es que la geitonogamia es la transferencia de polen al estigma de otra flor de la misma planta, mientras que la xenogamia es la transferencia de polen al estigma de otra flor que pertenece a una planta genéticamente diferente. La geitonogamia es un tipo de autopolinización, mientras que la xenogamia es un tipo de polinización cruzada.
Las angiospermas dependen de la polinización para la fertilización y producción de semillas. Los pólenes de las anteras se transfieren al estigma de los pistilos durante la polinización. La polinización puede ocurrir entre partes macho-hembra de la misma flor o entre dos flores de la misma planta o entre dos flores de diferentes plantas. Si la polinización ocurre entre dos flores de la misma planta, se conoce como geitonogamia mientras que si ocurre entre dos flores de las diferentes plantas, se conoce como xenogamia.
