La diferencia clave entre el cloro libre y el cloro total es que el cloro libre es la cantidad de cloro que puede inactivar los microorganismos patógenos presentes en el agua, mientras que el cloro total es la suma del cloro combinado y el cloro libre. El valor del cloro libre es siempre menor que el valor del cloro total.
El cloro combinado es la cantidad de cloro que reacciona con los compuestos que contienen nitrógeno presentes en el agua. Por tanto, este cloro no está disponible para el proceso de desinfección del agua. Esto significa que el término cloro total da la cantidad total de cloro que está disponible y no disponible para la inactivación de microorganismos patógenos (causantes de enfermedades) en el agua.