La diferencia clave entre mesénquima y ectomesénquima depende del tipo de células que contienen. El mesénquima contiene células sueltas que migran fácilmente para formar el tejido fundamental de colágeno y tejido óseo y cartilaginoso, mientras que el ectomesénquima contiene células de la cresta neural y forma los tejidos del cuello y el cráneo.
Tanto el mesénquima como el ectomesénquima están presentes en la etapa embrionaria. El desarrollo del mesénquima y del ectomesénquima es importante para estudiar el desarrollo de varios tejidos que surgen de estas células.