La diferencia clave entre contig y andamio es que un contig no tiene huecos, mientras que un andamio consta de contigs y huecos.
La secuenciación del genoma de organismos multicelulares es muy difícil en comparación con la secuenciación de organismos unicelulares. La secuenciación de escopeta de genoma completo es una técnica de secuenciación del genoma fácil y rápida para genomas multicelulares. Es un método que secuencia muchos fragmentos de ADN superpuestos en paralelo. En este método, los fragmentos pequeños se ensamblan en fragmentos más grandes y luego en contigs más grandes usando una computadora. Luego, los contigs se ensamblan en andamios y finalmente en un cromosoma. Por lo tanto, contig es un tramo continuo de secuencias de nucleótidos, mientras que scaffold es una porción del genoma que consta de contigs y huecos. Tanto el contig como el scaffold son secuencias genómicas reconstruidas.