Los diferencia clave entre los estereocilios cilios y las microvellosidades es que los cilios son estructuras diminutas con forma de cabello compuestas de microtúbulos, mientras que los estereocilios son haces de proyecciones con forma de cabello compuestos de filamentos de actina y las microvellosidades son pliegues de membranas celulares compuestas de filamentos de actina.
Los cilios, los estereocilios y las microvellosidades pueden aparecer como estructuras similares cuando se observan desde el exterior. Pero son estructural y funcionalmente diferentes entre sí. Son estructuras microscópicas similares a pelos. Además, son fibras proteicas que se extienden hacia el exterior de las células.