La diferencia clave entre flagelos y cilios es que los flagelos son largos y están presentes en uno a ocho por célula, mientras que los cilios son cortos y están presentes en cientos por célula.
Los cilios y los flagelos son estructuras diminutas adheridas a células eucariotas y procariotas. Sobresalen de la superficie de sus células. Estas estructuras ayudan en la locomoción de organismos unicelulares. En consecuencia, contienen principalmente proteínas llamadas microtúbulos o cuerpos basales. En el caso de los organismos eucariotas unicelulares, tanto los cilios como los flagelos son vitales para la locomoción. Por otro lado, en los organismos multicelulares, los cilios y los flagelos ayudan en el movimiento de fluidos y otros materiales a lo largo de los tubos corporales mientras realizan la función de mover una célula o un grupo de células. Sin embargo, existe alguna diferencia entre flagelos y cilios; especialmente, se diferencian entre sí por la longitud, tamaño, apariencia y tipo de células a las que están adheridas.
