La diferencia clave entre homología y similitud en bioinformática es que la homología se refiere a una declaración sobre la ascendencia evolutiva común de dos secuencias, mientras que la similitud se refiere al grado de similitud entre dos secuencias.
La bioinformática es un campo de la ciencia que combina biología, ingeniería de la información, informática, matemáticas y estadística para analizar e interpretar datos biológicos. Homología y semejanza son dos términos que usamos en el campo de la bioinformática. Podemos calcular fácilmente la similitud como un porcentaje de residuos similares en una longitud determinada de la alineación. Sin embargo, no podemos calcular la homología ya que podría ser verdadera o falsa y generalmente depende de la hipótesis utilizada.