La diferencia clave entre los protóstomos y los deuteróstomos es que en los protóstomos el blastoporo se convierte en la boca, mientras que en los deuteróstomos se convierte en el ano. Otra diferencia importante es que los embriones de los protostomas se someten a una escisión en espiral mientras que los embriones de los deuterostomas se someten a una escisión radial.
Para comprender estos dos términos, sería importante prestar atención a cómo tiene lugar el desarrollo embrionario de los organismos. Sería particularmente importante considerar animales con un celoma, que es una cavidad llena de líquido que se encuentra entre el endodermo (intestino) y el mesodermo (principalmente la capa muscular); en otras palabras, el celoma es el peritoneo en los mamíferos. Los protóstomos y los deuteróstomos son los dos tipos principales de animales coelomados, y existen muchas diferencias entre ellos. Se diferencian principalmente en la forma en que se forman la boca y el ano durante el desarrollo embrionario.
