La diferencia clave entre HPLC y GC es que HPLC usa una fase estacionaria sólida y una fase móvil líquida, mientras que la GC usa una fase estacionaria líquida y una fase móvil gaseosa.
Tanto la HPLC como la GC son métodos de separación de compuestos de una mezcla. Mientras que HPLC se refiere a cromatografía líquida de alta presión, GC es simplemente cromatografía de gases. Por tanto, la HPLC se aplica a los constituyentes que son fluidos, pero la GC es útil cuando los compuestos son gaseosos o los compuestos que se vaporizan durante el proceso de separación. Sin embargo, ambos tienen el mismo principio subyacente de que las moléculas pesadas fluyen más lentamente que las más ligeras.