La diferencia clave entre sustrato y sitio activo es que el sustrato es un compuesto químico que puede sufrir una reacción química, mientras que el sitio activo es una región específica de una enzima.
Las enzimas son catalizadores biológicos. Estas son proteínas que pueden disminuir la energía de activación de una reacción química para reducir la barrera energética de esa reacción. Por tanto, puede incrementar la velocidad de una reacción. El reactivo de la reacción en la que participan las enzimas es el "sustrato". Este sustrato se une al sitio activo de la enzima. Allí tienen lugar las reacciones. Finalmente, libera los productos de la reacción.