La diferencia clave entre la especificidad del sustrato y la especificidad del enlace es que la especificidad del sustrato es la capacidad de una enzima para elegir el sustrato exacto con el que puede unirse de un grupo de compuestos similares, mientras que la especificidad del enlace es la capacidad de una enzima para elegir sustratos que tienen enlaces similares y estructuras similares.
Los términos especificidad de sustrato y especificidad de enlace entran en el campo de la bioquímica, con respecto a la actividad de las enzimas. Podemos definir una enzima como catalizador biológico. Eso significa que las enzimas son compuestos que pueden mejorar la tasa de funciones biológicas que tienen lugar en las células, pero no se consumen durante la función. El término especificidad se refiere a la forma en que una enzima particular se une a un sustrato particular.