La diferencia clave entre acetil CoA y acil CoA es que acetil CoA (o acetil coenzima A) ayuda en el metabolismo de proteínas, carbohidratos y lípidos, mientras que acil CoA (o acil coenzima A) ayuda en el metabolismo de ácidos grasos.
El acetil CoA es muy útil para llevar el grupo acetilo al ciclo de Krebs para la producción de energía. Un grupo acetilo es un grupo funcional que tiene la fórmula química -C (O) CH 3. Un grupo acilo es también un grupo funcional que tiene la fórmula química –C (O) R donde el grupo R es una cadena lateral de ácido graso. Es útil en la producción de energía mediante la conversión en acetil CoA.