La diferencia clave entre las endosporas bacterianas y las esporas de hongos es la organización celular de los dos tipos de esporas. Las endosporas bacterianas son estructuras latentes presentes en las bacterias procariotas. Las esporas de hongos son estructuras reproductivas presentes en los hongos eucariotas.
Las endosporas bacterianas están presentes dentro de las células bacterianas y son estructuras inactivas que pueden sobrevivir a las duras condiciones ambientales. En consecuencia, estas endosporas germinan cuando se cumplen las condiciones ambientales adecuadas. Por el contrario, las esporas de hongos son exosporas que se liberan al exterior para la esporulación.