La diferencia clave entre anammox y desnitrificación es que anammox se refiere a la oxidación anaeróbica de amonio, que convierte el amonio y los nitritos en nitrógeno gaseoso en condiciones anóxicas. Mientras tanto, la desnitrificación es la transformación biológica del nitrato en N 2 mediante la desnitrificación de las bacterias.
El ciclo del nitrógeno es un ciclo biogeoquímico importante en el que el nitrógeno se convierte en diferentes formas químicas como NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -etc. Hay cuatro procesos principales observados en el ciclo del nitrógeno. Son fijación, amonificación, nitrificación y desnitrificación. Muchos de estos procesos son llevados a cabo por microorganismos, especialmente bacterias presentes en el suelo. Anammox es una de las últimas incorporaciones al ciclo del nitrógeno. Es el proceso de oxidación anaeróbica del amonio. Un grupo específico de bacterias conocidas como planctomicetos realizan este proceso. Poseen un orgánulo especial llamado anammoxosomas, que proporcionan el sitio para la reacción anammox. Sin embargo, al final, tanto la desnitrificación como el anammox producen gas nitrógeno.
