La diferencia clave entre el ligamiento genético y el desequilibrio de ligamiento es que el ligamiento genético es la tendencia de dos o más genes del mismo cromosoma a permanecer juntos en el proceso de herencia, mientras que el desequilibrio de ligamiento es la asociación no aleatoria de alelos en diferentes loci en una población..
El ligamiento genético y el desequilibrio de ligamiento son dos conceptos en genética que siguen la herencia no mendeliana. El vínculo genético se refiere al estado físico de estar vinculado en un cromosoma. En palabras simples, es el proceso por el cual los genes están ubicados cerca en un cromosoma para que siempre se hereden juntos en gametos. Por otro lado, en genética de poblaciones, el desequilibrio de ligamiento se refiere a la asociación no aleatoria de alelos en diferentes loci en una población. Es la medida de la diferencia entre la frecuencia observada de una combinación particular de alelos en dos loci y la frecuencia esperada para la asociación aleatoria.