La diferencia clave entre el mapa genético y el mapa físico está en las técnicas utilizadas en el mapeo del genoma. Al generar un mapa genético, los marcadores genéticos y los loci genéticos se utilizan para estudiar los patrones de ligamiento de genes, mientras que el mapeo físico utiliza técnicas de biología molecular como el polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP) y las técnicas de hibridación.
Mapas genéticos y mapas físicos son dos tipos de mapas que se construyen para mostrar los genes ubicados en los cromosomas. Se involucran en el diagnóstico genético y para predecir la evolución con respecto al análisis del genoma. Además, utilizan para analizar las distancias entre los loci de genes y para analizar polimorfismos de genes.