La diferencia clave entre el mapa genético y el mapa de ligamiento es el tipo de genes usados para el proceso de mapeo. El mapa genético consiste en todos los genes presentes en un cromosoma particular, mientras que el mapa de ligamiento consiste en genes ligados presentes en un cromosoma particular.
El mapa genético y el mapa de ligamiento son dos tipos de mapas cromosómicos que ilustran los genes que se encuentran en los cromosomas. Un mapa genético muestra todos los genes, mientras que un mapa de ligamiento muestra solo los genes ligados. Ambos son muy útiles para diagnosticar enfermedades y trastornos genéticos. Además, las aberraciones cromosómicas también se pueden detectar utilizando mapas genéticos y de ligamiento. Los mapas de ligamiento proporcionan además una idea de la evolución de genes particulares.