La diferencia clave entre el autotrasplante de células madre y el alogénico es que, en el autotrasplante de células madre, las propias células se utilizan en el trasplante, mientras que en el alotrasplante de células madre, se empareja un donante antes del trasplante y luego se administra.
El trasplante de células madre es una técnica que se utiliza principalmente en el tratamiento del cáncer. En el trasplante de células madre, las células madre con características avanzadas adecuadas se administran para que se conviertan en células inmunológicas capaces de destruir las células cancerosas. Su otra función es proteger las células no malignas del cuerpo. El trasplante de células madre autólogas y alogénicas son dos tipos de técnicas de trasplante de células madre. El autotrasplante de células madre utiliza las propias células madre para el trasplante, mientras que el trasplante alogénico de células madre utiliza células madre de un donante compatible.