La diferencia clave entre trasplante alogénico y autólogo depende de la fuente de las células madre para el trasplante. El trasplante alogénico utiliza nuevas células madre de un donante diferente, mientras que el autotrasplante utiliza las propias células madre del paciente.
Las células madre son células indiferenciadas que pueden dividirse y diferenciarse en otros tipos diferentes de células. En consecuencia, estas células tienen la capacidad de autorrenovarse. Por lo tanto, son la base de nuestros órganos y tejidos. Además, actúan como un sistema de reparación de nuestro organismo. Dado que las células madre son capaces de producir más células hijas del mismo tipo o de diferenciarse en tipos de células específicos, se utilizan en terapias con células madre para reemplazar tejidos enfermos o que funcionan mal por tejidos sanos. La terapia con células madre puede ser alogénica o autóloga. Depende de las nuevas células madre utilizadas para reemplazar el tejido en el trasplante. En la terapia con células madre, si las células madre utilizadas son del propio paciente, se conoce como autotrasplante. Pero, si es de un donante diferente, entonces se llama trasplante alogénico.