La diferencia clave entre las células madre embrionarias y somáticas es que las células madre embrionarias son células indiferenciadas pluripotentes que tienen un origen embrionario, mientras que las células madre somáticas son células indiferenciadas multipotentes que tienen origen en tejidos y órganos.
Las células madre son células indiferenciadas que son capaces de convertirse en tejidos u órganos verdaderos. Generalmente, existen dos tipos principales de células madre como las células madre embrionarias y las células madre adultas (células madre somáticas). En el caso de la diferenciación, las células madre embrionarias pueden diferenciarse en cualquier tipo de célula. Por el contrario, las células madre somáticas solo pueden diferenciarse en varias células específicas de tejido. Por tanto, las células madre embrionarias son pluripotentes mientras que las células madre somáticas son multipotentes. En palabras simples, la capacidad de diferenciación es alta en las células madre embrionarias en comparación con la de las células madre somáticas.