La diferencia clave entre congénere e isómero es que el congénere se refiere a compuestos químicos que tienen estructuras y propiedades similares. Mientras tanto, isómero se refiere a moléculas que tienen la misma fórmula química pero diferentes estructuras.
Los términos congénere e isómero se refieren a grupos de compuestos que se agrupan según sus similitudes. El término congénere puede tener diferentes definiciones, pero en química usamos principalmente la definición que establece que los congéneres son compuestos químicos que tienen estructuras y propiedades similares. Los isómeros, por otro lado, son compuestos que tienen diferentes estructuras pero una composición atómica similar; por lo tanto, también tienen propiedades diferentes.