La diferencia clave entre el cotransporte y el contratransporte es que el cotransporte es una forma de transporte activo secundario que transporta dos tipos de moléculas simultáneamente a través de la membrana plasmática en la misma dirección o dirección opuesta. Por otro lado, el contratransporte es una de las dos formas de cotransporte que transporta dos tipos de moléculas simultáneamente en direcciones opuestas entre sí a través de la membrana celular.
Las moléculas entran y salen a través de la membrana plasmática selectiva de la célula. Hay varios tipos de proteínas transportadoras de membrana. El cotransporte y el contratransporte son dos tipos de transporte activo secundario. El cotransporte transporta dos tipos diferentes de moléculas al mismo tiempo en un movimiento acoplado, mientras que el contratransporte o intercambio es un tipo de cotransporte que transporta dos tipos de moléculas en la dirección opuesta a través de la membrana.