La diferencia clave entre las pruebas de ADN materno y paterno depende del tipo de fuente de ADN utilizada en el procedimiento de prueba. Las pruebas de ADN materno utilizan ADN mitocondrial para obtener la ascendencia materna, mientras que las pruebas de ADN paterno utilizan Y-ADN para obtener la ascendencia paterna.
La determinación de la ascendencia tanto en hombres como en mujeres es importante para determinar las relaciones familiares. Además, las pruebas de ADN materno y paterno también determinan la identidad de los individuos. Algunas de las técnicas moleculares utilizadas en este análisis son la huella de ADN, el análisis de repeticiones cortas en tándem y el polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP).