La diferencia clave entre el zooplancton y el fitoplancton es que el zooplancton es plancton heterótrofo no fotosintetizador que es protozoario o un animal, mientras que el fitoplancton es plancton fotosintético autótrofo que es una diatomea, cianobacterias o algas.
Los plancton son los pequeños organismos que viven y flotan en los océanos, mares o cuerpos de agua dulce. La mayoría de ellos son microscópicos y son importantes fuentes de alimento para animales más grandes. Hay dos tipos principales de plancton, a saber, zooplancton y fitoplancton. Los zooplancton son heterótrofos e incluyen animales que no son capaces de realizar la fotosíntesis. Por otro lado, el fitoplancton es plancton fotosintético, que es autótrofo. Además, los fitoplancton almacenan energía a través de la fotosíntesis y el zooplancton y el nekton (animales de gran tamaño que se mueven activamente en la columna de agua) se alimentan de ellos. Los seres humanos y otros depredadores se alimentan de nekton y de un zooplancton más grande a gran escala. Además, las actividades humanas como la contaminación ambiental, afectan en gran medida de manera negativa este flujo de energía que parte del fitoplancton.