La diferencia clave entre molécula y átomo es que la molécula es una combinación de dos o más átomos a través de enlaces químicos, mientras que el átomo es una especie química individual que se puede combinar entre sí para formar moléculas e iones.
Toda la materia del mundo está formada por átomos y moléculas, por lo que podemos considerarlos como los componentes básicos de todo en este planeta, incluidos nosotros. En términos sencillos, podemos decir que la unidad más básica y también la más pequeña de cualquier elemento químico es un átomo. Un elemento químico es una especie de átomos. Por ejemplo, la unidad más pequeña de oxígeno gaseoso es el átomo de oxígeno; podemos representarlo con la letra O. Sin embargo, este átomo de oxígeno no existe de forma independiente, y sólo cuando se combina químicamente con otro átomo de oxígeno se vuelve estable. Luego se convierte en una molécula y podemos representarla mediante la fórmula química O 2.
