La diferencia clave entre maltosa e isomaltosa es que la maltosa tiene dos unidades de glucosa unidas entre sí mediante un enlace alfa 1-4, mientras que la isomaltosa tiene dos unidades de glucosa unidas entre sí mediante un enlace alfa 1-6.
La maltosa es un disacárido. Significa que tiene dos unidades de azúcar unidas entre sí. En el caso de la maltosa y la isomaltosa, la unidad de azúcar es una molécula de glucosa. Por lo tanto, estas dos formas de disacáridos se diferencian entre sí según el enlace químico entre las dos unidades de glucosa. Sin embargo, estas dos formas de azúcar son azúcares reductores.