La diferencia clave entre chaperones y chaperoninas es que los chaperones realizan una amplia gama de funciones que incluyen el plegamiento y degradación de la proteína, ayudar en el ensamblaje de proteínas, etc., mientras que la función clave de las chaperoninas es ayudar en el plegamiento de moléculas de proteína grandes.
Los acompañantes moleculares o chaperones son moléculas de proteínas que ayudan en el proceso de plegado de proteínas en estructuras complejas. Por lo tanto, las chaperoninas son un tipo de chaperona, que incluye proteínas de choque térmico. De todos los tipos de chaperonas, las chaperoninas son las proteínas más estudiadas debido al importante papel que desempeñan durante el correcto plegamiento de proteínas. Por tanto, la acción de las chaperonas y chaperoninas previene la agregación irreversible de proteínas y, por tanto, permite su funcionalidad. Las chaperonas y las chaperoninas se diferencian minuciosamente en función de la funcionalidad de las dos moléculas.