La diferencia clave entre las células madre pluripotentes e inducidas es que las células pluripotentes son células madre indiferenciadas (de embriones, etc.), que tienen la capacidad natural de diferenciarse en diferentes tipos de células, mientras que las células madre pluripotentes inducidas son células adultas somáticas que tienen ha sido reprogramado genéticamente para mostrar características similares a las células madre pluripotentes naturales.
Una célula madre es una célula indiferenciada que tiene la capacidad única de convertirse en células diferentes o especializadas. Además, las células madre son de tres tipos: unipotentes, pluripotentes y multipotentes. Si una célula madre puede diferenciarse en uno, múltiples y todos los tipos de células, se conoce como célula madre unipotente, multipotente o pluripotente, respectivamente. Entre los tres tipos anteriores, las células madre pluripotentes son importantes, ya que pueden diferenciarse en todos los tipos de células. Una célula madre embrionaria pluripotente puede convertirse en un ser humano completo.