La diferencia clave entre la pepsina y la proteasa es que la pepsina es un tipo de proteasa, mientras que la proteasa es una enzima que escinde la proteína en aminoácidos.
Las proteínas son macromoléculas importantes hechas de diferentes aminoácidos. Los aminoácidos son los componentes básicos de las proteínas y se polimerizan en proteínas mediante enlaces amida. Algunas enzimas pueden descomponer las proteínas en aminoácidos y se las conoce como proteasas. Existen diferentes tipos de proteasas que se diferencian según el mecanismo de hidrólisis. Entre ellos, la pepsina, que es una proteasa gástrica, es uno de esos tipos.