La diferencia clave entre la máxima parsimonia y la máxima probabilidad depende del método utilizado para desarrollar el árbol filogenético. La parsimonia máxima se centra en minimizar los estados de carácter total durante la construcción del árbol filogenético, mientras que la probabilidad máxima es un enfoque estadístico para dibujar el árbol filogenético dependiendo de la probabilidad entre los datos genéticos.
La filogenia es el enfoque novedoso hacia la clasificación y nomenclatura de organismos. La filogenia se basa en datos genéticos y relaciones evolutivas. Los datos genéticos son el resultado de la secuenciación del ADN. En filogenia, la clasificación de organismos se realiza en función del antepasado común. La máxima parsimonia y la máxima probabilidad de una relación filogenética aumentan la precisión y confiabilidad de un árbol filogenético.
