La diferencia clave entre homocigoto y heterocigoto es que homocigoto significa que ambos alelos son similares para un rasgo, mientras que heterocigoto significa que los dos alelos son diferentes para un rasgo.
Los genes heredados de los cromosomas de los padres controlan todos los caracteres o rasgos de los animales, las plantas y todos los demás seres vivos. Es la razón principal para mostrar características parentales en la progenie. La mayoría de los organismos eucariotas tienen dos conjuntos de genes conocidos como genes maternos y genes paternos. Por tanto, la situación genética se conoce como diploide (dos juegos de cromosomas). Eso significa; todos los rasgos tienen componentes genéticos tanto de la madre como del padre. Sin embargo, estos genes podrían ser dominantes o recesivos entre sí y ahí es donde las características homocigotas y heterocigotas se vuelven importantes. Homocigoto es un estado de tener dos alelos dominantes (AA) o dos alelos recesivos (aa), mientras que heterocigoto es un estado de tener un alelo dominante y un alelo recesivo (Aa).