La diferencia clave entre la amplificación de genes y la clonación de genes es que la amplificación de genes es el proceso de hacer muchas copias del gen de interés in vitro mediante una reacción en cadena de la polimerasa. Pero, la clonación de genes es un proceso de hacer muchas copias del gen de interés in vivo al hacer un plásmido recombinante y transformarlo en una bacteria huésped.
Un gen es un fragmento específico de ADN que codifica una proteína. Un organismo posee miles de genes. Además, es posible multiplicar las secuencias de ADN de genes importantes utilizando técnicas de biología molecular. La amplificación de genes y la clonación de genes son dos de estos procedimientos. Ambos procedimientos producen muchas copias de un gen de interés. Sin embargo, existe una diferencia entre la amplificación de genes y la clonación de genes en términos de su metodología.