La diferencia clave entre el sistema de archivos y la base de datos es que el sistema de archivos administra solo el acceso físico, mientras que la base de datos administra tanto el acceso físico como lógico a los datos.
La base de datos y el sistema de archivos son dos métodos que ayudan a almacenar, recuperar, administrar y manipular datos. Ambos sistemas permiten al usuario trabajar con datos de manera similar. Un sistema de archivos es una colección de archivos de datos sin procesar almacenados en el disco duro, mientras que una base de datos está diseñada para organizar, almacenar y recuperar fácilmente grandes cantidades de datos. En otras palabras, una base de datos contiene un paquete de datos organizados normalmente en forma digital para uno o más usuarios. La abreviatura de la base de datos es DB. Es posible clasificar las bases de datos según su contenido, como documento-texto, bibliográfico y estadístico. Es importante tener en cuenta que, incluso en una base de datos, los datos se almacenan eventual o físicamente en algunos archivos.