La diferencia clave entre los vectores de inserción y de reemplazo es que el vector de inserción tiene la capacidad de insertar longitudes moderadas de ADN extraño, mientras que el vector de reemplazo tiene la capacidad de adaptarse a longitudes más grandes de ADN extraño.
Los vectores fagos son los bacteriófagos utilizados para la clonación. Hay dos tipos de vectores fagos; son vector de inserción y vector de reemplazo. Además, todos los vectores de fagos consisten en genes no esenciales. Sin embargo, estos genes deben eliminarse de los fagos para facilitar nuevas inserciones de ADN extraño.