La diferencia clave entre Cyanobacteria y Proteobacteria no se puede deducir específicamente. Sin embargo, las cianobacterias, conocidas como algas verdiazules, son completamente fotosintéticas, mientras que las proteobacterias se componen de una amplia variedad de organismos gram negativos de los cuales algunos organismos son fotosintéticos.
Aunque las cianobacterias y las proteobacterias comparten muchas características en común, según su capacidad para realizar la fotosíntesis, pueden diferir entre sí. Sin embargo, ambos son organismos de importancia industrial y también organismos causantes de enfermedades.
