La diferencia clave entre Cosmid y Phagemid está en el tipo de secuencias que contiene. Un cósmido contiene un sitio cos y un plásmido. Por lo tanto, es un vector híbrido mientras que un fagémido es un plásmido que contiene un origen de replicación F1 del fago F1.
Los cósmidos y fagémidos se utilizan con fines de clonación, especialmente para clonar fragmentos más grandes de ADN. Estos se utilizan ampliamente, especialmente en la clonación de genes responsables de la producción de diversas proteínas. Los cósmidos y fagémidos se replican solos como plásmidos o se empaquetan en partículas virales y luego se replican.