Diferencia clave: cebadores de PCR frente a cebadores de secuenciación
Con los recientes desarrollos en el campo de la biología molecular, se desarrollaron diferentes técnicas genéticas que hicieron fáciles y precisos los procesos de investigación de diferentes vías del tema. La PCR y otros procedimientos de secuenciación son dos de estas técnicas importantes. Utilizan diferentes subcomponentes. Los cebadores se consideran el subcomponente principal común a las técnicas de PCR y secuenciación. Los cebadores de PCR se usan para la amplificación de una secuencia de ADN particular mientras que los cebadores de secuenciación se usan en el contexto de secuenciar un fragmento de ADN con la intención de revelar su orden específico de la secuencia de nucleótidos. Ésta es la diferencia clave entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación.
CONTENIDO
1. Descripción general y diferencia clave
2. ¿Qué son los cebadores de PCR?
3. ¿Qué son los cebadores de secuenciación?
4. Similitudes entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación
5. Comparación lado a lado: cebadores de PCR frente a cebadores de secuenciación en forma tabular
6. Resumen
¿Qué son los cebadores de PCR?
La reacción en cadena de la polimerasa (PCR) es una técnica genética que se utiliza en el campo de la biología molecular para amplificar una o pocas copias de un segmento de ADN en particular y obtener muchos millones de copias idénticas. En una reacción de PCR, se utilizan diferentes componentes, incluidos los cebadores. Los cebadores son cadenas cortas de ADN con una longitud de nucleótidos de 18-25, lo que las hace compatibles con la región inicial y final de los fragmentos de ADN que se van a amplificar. Los cebadores pueden ser un cebador directo y un cebador inverso. Estos cebadores se unen al fragmento de ADN en los puntos específicos donde hace que la ADN polimerasa se una al cebador específico en la ubicación e inicie la síntesis de la nueva cadena de ADN.
La selección de cebadores es un aspecto importante del proceso de PCR. La selección de la longitud de la imprimación es importante. La longitud ideal sería de 18 a 25 nucleótidos. Si la longitud es demasiado corta o demasiado larga, los cebadores no se unirán a la secuencia de ADN para amplificarse con precisión. Los cebadores que son de longitud demasiado corta conducen a un apareamiento de cebadores no específico en diferentes ubicaciones de la secuencia de ADN.
Figura 01: Cebadores de PCR
El contenido de guanina y citosina (GC) en una buena imprimación debe estar en el rango de 40-60. La temperatura de hibridación del cebador y la temperatura de fusión son factores vitales durante la PCR. La temperatura de fusión debe calcularse con precisión, y la temperatura de recocido del cebador debe ser 5 0 C menor que la temperatura de fusión. La temperatura de fusión debe ser de 60 ° C y 75 ° C. Las temperaturas demasiado altas o demasiado bajas darán como resultado una actividad de la ADN polimerasa menos activa.
¿Qué son los cebadores de secuenciación?
Los cebadores de secuenciación se utilizan en el contexto de la secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su identidad específica. Para obtener buenos resultados de secuenciación, es importante utilizar cebadores y plantillas de alta calidad. Por tanto, cuando se seleccionan cebadores, deben ser únicos para una región particular donde deseamos secuenciar. También debe ser con una orientación correcta donde las secuencias se generan normalmente desde los extremos 3 'a 5' de los cebadores. La secuencia debe carecer de autohibridación indeseable, como la formación de bucles en horquilla. No debe contener la formación consecutiva de bases de guanina.
La temperatura de fusión (Tm) del cebador debe ser adecuada para las condiciones de secuenciación. Por lo tanto, debe estar entre 52 o C y 74 o C. La preparación de oligonucleótidos que se utilizará como cebador debe purificarse para obtener la longitud completa deseada de la secuencia. Si los oligonucleótidos contienen impurezas, la señalización de la secuencia del cebador se superpondrá desde diferentes sitios de cebado y también disminuirá el número de células base.
Figura 02: Cebadores de secuenciación
La temperatura de fusión del cebador (Tm) de un oligonucleótido determina qué tan fuerte se hibridan las cadenas de ADN complementarias entre sí. La Tm puede considerarse como un cálculo termodinámico en el que depende tanto de las secuencias de ADN como de varias condiciones, como la concentración de sal. La Tm es importante durante la PCR, donde se usa una variante llamada secuenciación del ciclo para producir un grupo de fragmentos terminados en didesoxinucleótidos. Aquí, el cebador que se secuencia inicialmente se hibridará alternativamente, luego se extenderá y finalmente se desnaturalizará para su amplificación. Por lo tanto, el valor de Tm debe estar entre 52 o C y 74 oC. Los oligonucleótidos sintetizados se pueden obtener de los laboratorios de síntesis de ADN / ARN según se elija. La pequeña escala de síntesis que se utiliza para la secuenciación del ADN suele ser de 50 nmol. También lo más importante es que los cebadores utilizados para la secuenciación deben purificarse para que estén libres de impurezas que evitarán la reducción de la calidad.
¿Cuáles son las similitudes entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación?
- Tanto los cebadores de PCR como los cebadores de secuenciación son cebadores que se utilizan en el proceso de amplificación de una secuencia de ADN dirigida.
- Tanto los cebadores de PCR como los cebadores de secuenciación están compuestos de nucleótidos.
- Tanto los cebadores de PCR como los cebadores de secuenciación son oligómeros cortos.
¿Cuál es la diferencia entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación?
Diferencia del medio del artículo antes de la mesa
Cebadores de PCR frente a cebadores de secuenciación |
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| Los cebadores de PCR son hebras cortas de ADN con una longitud de secuencia de nucleótidos de 18-25 que las hace compatibles con la región inicial y final de los fragmentos de ADN que se van a amplificar. | Los cebadores de secuenciación son oligómeros cortos que se utilizan en el contexto de secuenciar un fragmento de ADN con la intención de revelar su identidad específica. |
| Función | |
| Los cebadores de PCR se utilizan para la amplificación de una secuencia de ADN particular. | Los cebadores de secuenciación se utilizan en el contexto de la secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su identidad específica. |
| Número de cebadores necesarios | |
| Dos cebadores; un cebador directo y un cebador inverso se utilizan como cebadores de PCR. | Solo necesita un cebador como cebador de secuenciación. |
Resumen: cebadores de PCR frente a cebadores de secuenciación
Los cebadores de secuenciación se utilizan en el contexto de la secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su identidad específica. Un cebador de secuenciación será suficiente para ejecutar el proceso. Para obtener buenos resultados de secuenciación, son importantes los cebadores y las plantillas de alta calidad. Por tanto, cuando se seleccionan cebadores, deben ser únicos para una región particular donde deseamos secuenciar. Los cebadores de PCR son cadenas cortas de ADN con una longitud de nucleótidos de 18-25 que es compatible con la región inicial y final de los fragmentos de ADN que se van a amplificar. Los cebadores de PCR pueden ser un cebador directo y un cebador inverso. El contenido de guanina y citosina (GC) en una buena imprimación debe estar en el rango de 40-60. La temperatura de hibridación del cebador y la temperatura de fusión son aspectos vitales durante la PCR. Ésta es la diferencia entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación.
