Diferencia clave - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green y Taqman son dos métodos empleados para detectar u observar el proceso de amplificación de la PCR en tiempo real. SYBR Green es un método basado en la intercalación de tinción de ácido nucleico mientras que Taqman es un método basado en sonda de hidrólisis. Ambas tecnologías están diseñadas para generar fluorescencia durante la PCR, lo que permite que la máquina de PCR en tiempo real monitoree la reacción en “tiempo real”. El método SYBR Green se lleva a cabo utilizando un tinte fluorescente llamado SYBR green y detecta la amplificación uniendo el tinte al ADN bicatenario producido. Taqman se lleva a cabo utilizando sondas de doble marcaje y detecta la amplificación por degradación de la sonda por la polimerasa Taq y liberaciones del fluoróforo. Esta es la diferencia clave entre SYBR Green y Taqman.
CONTENIDO
1. Descripción general y diferencia clave
2. Qué es SYBR Green
3. Qué es Taqman
4. Comparación lado a lado - SYBR Green vs Taqman
5. Resumen
¿Qué es SYBR Green?
SYBR Green es un tinte fluorescente que se utiliza para teñir ácidos nucleicos, especialmente ADN de doble hebra en Biología Molecular. El método SYBR Green se utiliza para cuantificar los productos de la PCR durante la PCR en tiempo real. Una vez que se une al ADN, el complejo de tinte de ADN resultante absorbe la luz azul y emite una luz verde intensa. Ocurre debido al cambio estructural que ocurre en la molécula de tinte al unirse con el ADN de doble hebra. Cuando la PCR crea más y más ADN, más moléculas de colorante se unen al ADN, generando más fluorescencia. Por tanto, la fluorescencia aumenta con la acumulación de producto de PCR. Por tanto, la cantidad de producto de PCR se puede medir cuantitativamente mediante la detección de fluorescencia SYBR Green.
El tinte verde SYBR también se puede utilizar para el marcaje de ADN en citometría y microscopía fluorescente. El bromuro de etidio ha sido reemplazado con éxito por SYBR Green, ya que el bromuro de etidio es un tinte cancerígeno con problemas de eliminación durante la visualización del ADN en la electroforesis en gel.
Hay ventajas y desventajas del método verde SYBR. Este método es muy sensible, económico y fácil de usar. Sin embargo, debido a su capacidad para unirse a cualquier ADN de doble hebra, la unión inespecífica puede conducir a una cuantificación excesiva del producto de la PCR.
Figura 01: Técnica SYBR Green
¿Qué es Taqman?
Taqman es un método alternativo a SYBR Green para monitorear el proceso de PCR en tiempo real. Este método depende de la actividad exonucleasa 5 '- 3' de la enzima polimerasa Taq para degradar las sondas durante la extensión de la nueva hebra y la liberación de fluoróforo. En este método se utilizan sondas de doble marcaje y se basa en la hidrólisis de sondas. Las sondas son oligonucleótidos de ADN marcados con fluorescencia que tienen una molécula informadora fluorescente (fluoróforo) en el extremo 5 'y una molécula extintora en el extremo 3'. Están diseñados para unirse a la plantilla monocatenaria en el lado opuesto de los recocidos del cebador. La polimerasa Taq agrega nucleótidos al cebador y extiende la nueva hebra hacia las sondas de doble etiqueta. Una vez que la polimerasa Taq se encuentra con la sonda, la acción exonucleasa de la polimerasa Taq activa y degrada la sonda. Una vez que completa la síntesis de la nueva hebra, la sonda se somete a una degradación completa y libera el fluoróforo. La liberación de fluoróforo genera fluorescencia. La molécula de extintor fluorescente apaga eficazmente la luz emitida y crea la salida para la cuantificación del producto de PCR. La liberación de fluoróforos y la cantidad de productos de PCR son proporcionales. Por lo tanto, la cuantificación se puede realizar fácilmente mediante el método Taqman. La cuantificación se puede realizar fácilmente mediante el método Taqman.la cuantificación se puede realizar fácilmente mediante el método Taqman.
Figura 02: Método Taqman
El método Taqman se utiliza en PCR en tiempo real, cuantificación de expresión génica, detección de polimorfismos genéticos, cuantificación de deleciones de ADN cromosómico, identificación bacteriana, verificación de análisis de microarrays, genotipado de SNP, etc.
¿Cuál es la diferencia entre SYBR green y Taqman?
Diferencia del medio del artículo antes de la mesa
SYBR Green vs Taqman |
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| SYBR Green se basa en un tinte de unión al ADN. | Taqman depende de las sondas de hibridación y de la actividad exonucleasa 5 'a 3' de la polimerasa Taq. |
| Sondas etiquetadas con fluorescencia | |
| No se requieren sondas marcadas con fluorescencia. | Se requieren sondas de doble etiqueta. |
| Análisis de genes multiplex | |
| No se puede utilizar para dianas de genes multiplex. | Se puede utilizar para dianas de genes multiplex. |
| Costo | |
| Esto es menos costoso. | Esto es más caro. |
| Especificidad | |
| Esto es menos específico y se une a cualquier ADN de doble hebra. | Estos son muy específicos ya que las sondas detectan los productos de amplificación específicos. |
| Eficacia | |
| Esto es menos efectivo. | Esto es muy eficaz. |
| Solicitud | |
| Esto se utiliza en PCR en tiempo real, visualización en gel de agarosa, etiquetado de ADN, etc. | Se utiliza en PCR en tiempo real, cuantificación de expresión génica, detección de polimorfismos genéticos, etc. |
Resumen - SYBR Green y Taqman
Taqman y SYBR green son dos métodos empleados en la PCR en tiempo real (PCR cuantitativa). Ambos métodos permiten la cuantificación del producto de PCR de manera eficiente y se basan en la emisión de fluorescencia. El método Taqman utiliza sondas de doble etiqueta para la detección del ADN acumulado, mientras que el método SYBR Green utiliza un tinte fluorescente. Ambos métodos también tienen diferentes aplicaciones en biología molecular.
