La diferencia clave entre la digestión de proteínas en el estómago y el intestino delgado es que la digestión de proteínas en el estómago se lleva a cabo mediante pepsina y ácido clorhídrico, mientras que la digestión de proteínas en el intestino delgado se realiza mediante tripsina y quimotripsina secretadas por el páncreas.
Los alimentos que consumimos están sujetos a una digestión química y mecánica en el sistema digestivo. Una vez que se digieren los alimentos, los nutrientes se absorben en nuestro torrente sanguíneo a través del intestino delgado. La digestión de las proteínas tiene lugar en dos etapas: en el estómago y en la primera parte del intestino delgado (duodeno) por las proteasas. En el estómago, la pepsina descompone las proteínas en aminoácidos y oligopéptidos. La digestión adicional de oligopéptidos en aminoácidos, dipéptidos y tripéptidos tiene lugar en el intestino delgado por enzimas pancreáticas.