La diferencia clave entre polimorfismo transitorio y equilibrado se basa en cómo se comportan los alelos. El polimorfismo transitorio es el reemplazo progresivo de un alelo de un gen por otro alelo, mientras que el polimorfismo equilibrado es el mantenimiento de dos alelos diferentes de un gen a lo largo del tiempo.
El polimorfismo genético es una o dos o más variantes de un ADN particular. El polimorfismo transitorio y equilibrado son dos tipos de polimorfismo que surgen debido a dos alelos alternativos de un gen. En el polimorfismo transitorio, de los dos alelos alternos de un locus dado, un alelo es reemplazado progresivamente por otro. En el polimorfismo equilibrado, los dos alelos están en equilibrio entre sí. Ambas versiones del gen se mantienen en la población.