La diferencia clave entre CDS y cDNA es que CDS o secuencia codificante es la parte de una transcripción que realmente se traduce en proteína, mientras que la secuencia de cDNA es una secuencia de ADN derivada del mRNA por transcripción inversa.
Un gen es una secuencia de nucleótidos que codifica una proteína. Consta de diferentes regiones como región promotora, sitio de inicio de la transcripción, exones, codón de inicio, intrones y codón de terminación. Por lo tanto, un gen tiene secuencias codificantes y no codificantes. Las secuencias codificantes o CDS se refieren a los exones y dos codones, que son el codón de inicio y el codón de terminación. Es la secuencia que realmente se traduce en una proteína. Por el contrario, el ADNc es una secuencia de ADN derivada del ARNm por transcripción inversa.